Η παρουσία Εβραίων στο Μαρόκο χάνεται στα βάθη των αιώνων. Εκτός από τους Εβραίους που εγκαταστάθηκαν στο Μαρόκο, πιθανόν υπήρξαν και Βέρβεροι που εξιουδαΐστηκαν. Οι Εβραίοι Βερβερικής καταγωγής ζούσαν στην έρημο και στα βουνά του Άτλαντα.
Την εποχή της ισλαμικής κατάκτησης (7ος–8ος αιώνας), η θρυλική βασίλισσα Κάχινα ένωσε Βερβερικές φυλές (χριστιανούς, Εβραίους και παγανιστές) εναντίον του χαλιφάτου. Αρχικά νίκησε, στο τέλος όμως ηττήθηκε και η ισλαμική κυριαρχία εδραιώθηκε στη Βόρεια Αφρική.
Οι Εβραίοι εντάχθηκαν στο καθεστώς προστασίας dhimmi, το οποίο συνοδευόταν από υποχρεώσεις και περιορισμούς, όπως ο κεφαλικός φόρος, καθώς και νομικές και κοινωνικές διακρίσεις όπως νομική και κοινωνική κατωτερότητα, περιορισμό στην άσκηση επαγγέλματος, περιορισμούς στην ενδυμασία, στην θρησκευτική έκφραση κλπ
.
Μετά την εκδίωξη των Εβραίων από την Ισπανία το 1492, 20.000–40.000 Σεφαραδίτες Εβραίοι εγκαταστάθηκαν στο Μαρόκο και ονομάστηκαν Megorashim (από το εβραϊκό gerush = εκδίωξη), σε αντίθεση με τους Toshavim (γηγενείς), που ζούσαν ήδη εκεί για αιώνες. Αρχικά υπήρξαν τριβές με τους γηγενείς Εβραίους (πολλοί εκ των οποίων είχαν βερβερική καταγωγή), αλλά με την πάροδο των αιώνων οι δύο κοινότητες συγχωνεύτηκαν σχεδόν πλήρως, με την επικράτηση της σεφαραδίτικης κουλτούρας.
Το 1912 το Μαρόκο μετατρέπεται σε γαλλικό και ισπανικό προτεκτοράτο, με τον σουλτάνο να παραμένει τυπικά στην εξουσία. Οι Εβραίοι μαθαίνουν γαλλικά, αποκτούν ευρωπαϊκή παιδεία, συνδέονται οικονομικά με την Ευρώπη, βελτιώνουν τη θέση τους και διαφοροποιούνται από τον μουσουλμανικό πληθυσμό.
Μετά την ήττα της Γαλλίας στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, το Μαρόκο πέρασε στο καθεστώς του Βισύ. Επιβλήθηκαν αντιεβραϊκοί νόμοι: απομάκρυνση από δημόσιες θέσεις, περιορισμοί σε επαγγέλματα και ποσοστώσεις στην εκπαίδευση. Οι Εβραίοι έχασαν μέρος της κοινωνικής ανόδου που είχαν αποκτήσει από το 1912.
Σύμφωνα με μεταγενέστερες μαρτυρίες, όταν οι Γάλλοι αξιωματούχοι ζήτησαν από τον σουλτάνο να παραδώσει λίστες με τους Εβραίους υπηκόους του, ο Μοχάμεντ Ε΄ αρνήθηκε, δηλώνοντας ότι όλοι είναι Μαροκινοί υπήκοοι. Δεν μπόρεσε να αποτρέψει τις διακρίσεις του Βισύ, αλλά δεν ταυτίστηκε ιδεολογικά με αυτές και λειτούργησε ως συμβολικό, και σε κάποιο βαθμό πρακτικό, ανάχωμα.
Το 1942, το Μαρόκο πέρασε στον έλεγχό των συμμάχων, οι αντιεβραϊκοί νόμοι καταργήθηκαν και οι Εβραίοι ανέκτησαν μέρος της κοινωνικής τους θέσης. Ωστόσο, η αίσθηση ασφάλειας είχε πλέον κλονιστεί. Την ίδια περίοδο λειτουργούσαν στην έρημο στρατόπεδα καταναγκαστικής εργασίας, όπου Εβραίοι από την Ευρώπη, Ισπανοί δημοκρατικοί και άλλοι κρατούμενοι εργάζονταν σε σκληρές συνθήκες.
Η εβραϊκή κοινότητα του Μαρόκου επιβίωσε για αιώνες και παρέμεινε πολυπληθής μέχρι την ίδρυση του Ισραήλ το 1948.
Τον Ιούνιο του 1948, λίγο μετά την ίδρυση του Ισραήλ και τον πόλεμο με τα αραβικά κράτη, σημειώθηκαν βίαια επεισόδια με επιθέσεις κατά Εβραίων, λεηλασίες και δολοφονίες. Περίπου 40–50 Εβραίοι σκοτώθηκαν, πολλοί τραυματίστηκαν και περιουσίες καταστράφηκαν. Αυτό προκάλεσε ισχυρό σοκ στην κοινότητα και ενίσχυσε το αίσθημα ανασφάλειας, οδηγώντας στην έναρξη της μετανάστευσης.
Σχεδόν 30.000 Εβραίοι έφυγαν τα επόμενα δύο χρόνια, κυρίως οι φτωχότεροι, με προορισμό κυρίως το Ισραήλ και δευτερευόντως τη Γαλλία.
Το 1956 το Μαρόκο έγινε ανεξάρτητο. Το νέο κράτος ορίστηκε ως αραβικό και μουσουλμανικό. Οι Εβραίοι, που είχαν συνδεθεί με τη γαλλική γλώσσα και την αποικιακή οικονομία, με την αποχώρηση των Γάλλων έχασαν το βασικό τους πλαίσιο και η αβεβαιότητα αυξήθηκε.
Παρά τους περιορισμούς στη μετανάστευση προς το Ισραήλ, πολλοί Εβραίοι μετανάστευαν παράνομα. Το 1961, το πλοίο Egoz βυθίστηκε και 44 Εβραίοι μετανάστες πνίγηκαν.
Την ίδια χρονιά, ο βασιλιάς του Μαρόκου επέτρεψε τη μετανάστευση στο πλαίσιο συμφωνίας που περιλάμβανε οικονομική ενίσχυση προς το Μαρόκο. Περίπου 80.000–100.000 Εβραίοι μετανάστευσαν. Το ύψος της ενίσχυσης υπολογίζεται σε 50–100 δολάρια για κάθε εβραίο που μετανάστευε.
Από το Μαρόκο, πρώτοι έφυγαν οι φτωχοί και οι νεότεροι με σιωνιστική ιδεολογία προς το Ισραήλ, ακολούθησαν άνθρωποι από τις παραδοσιακές αγροτικές κοινότητες, στη συνέχεια η μεσαία τάξη προς Γαλλία και Ισραήλ, και τελευταίοι οι πιο εύποροι προς Γαλλία, Καναδά και σε μικρότερο βαθμό το Ισραήλ.
Συνολικά, μέχρι το 1975, περισσότεροι από 200.000 Εβραίοι είχαν φύγει από το Μαρόκο. Σήμερα, στο Μαρόκο παραμένουν περίπου 2.000–3.000 Εβραίοι, οι οποίοι απολαμβάνουν τον σεβασμό και την προστασία του κράτους.
Το Μαρόκο αποτελεί ιδιαίτερη περίπτωση στον αραβικό κόσμο. Είναι η μόνη αραβική χώρα που αναγνωρίζει στο Σύνταγμά της την εβραϊκή κληρονομιά ως μέρος της εθνικής του ταυτότητας. Υπάρχει επίσης ένας Εβραίος μαροκινής καταγωγής, ο Αντρέ Αζουλάι, ο οποίος είναι ανώτατος σύμβουλος του βασιλιά Μοχάμεντ ΣΤ΄. Οι Εβραίοι του Μαρόκου έχουν το δικαίωμα να ρυθμίζουν ζητήματα οικογενειακού δικαίου (γάμους, κληρονομιές) σε δικά τους ραβινικά δικαστήρια που αναγνωρίζονται από το κράτος (κάτι σαν την μουσουλμανική σαρία δηλαδή που ισχύει στη δυτική Θράκη)
Το 2020, το Μαρόκο εντάχθηκε στις Συμφωνίες του Αβραάμ, αποκαθιστώντας διπλωματικές σχέσεις με το Ισραήλ και αναπτύσσοντας οικονομική συνεργασία.
Σήμερα, στο Ισραήλ υπάρχουν Εβραίοι μαροκινής καταγωγής που μνημονεύουν την Κάχινα ως μορφή αντίστασης, ενώ ο σουλτάνος Μοχάμεντ Ε΄ παραμένει στη συλλογική τους μνήμη ως σύμβολο προστασίας και αξιοπρέπειας.
Υπάρχουν επίσης μεμονωμένες αλλά πραγματικές περιπτώσεις όπου, όταν εβραϊκές οικογένειες μετανάστευαν κρυφά, δεν μπορούσαν να πάρουν μαζί τους ιερά αντικείμενα, όπως κυλίνδρους της Τορά, και τα εμπιστεύονταν σε μουσουλμάνους γείτονες. Δεκαετίες αργότερα, ορισμένοι από αυτούς επέστρεψαν ως επισκέπτες και βρήκαν τα κειμήλιά τους φυλαγμένα, τα οποία τους παραδόθηκαν από τους απογόνους εκείνων που τα είχαν διαφυλάξει.